Bereits im 10. Jahrhundert wurde das Adelsgeschlecht von Querfurt erwähnt. In diese Zeit dürfte auch die Gündung der Burg Querfurt fallen. Archäologische Funde belegen jedoch eine weit ältere Besiedlung des Areals. Der berühmteste Querfurter war der in die Kirchengeschichte eingegangene Heilige Brun, der 1009 als Missionar bei den Pruzzen den Märtyrertod starb.
In späteren Zeiten wurden die Grafen von Querfurt politisch sehr einflussreich und entwickelten mehrere bedeutende Seitenlinien, zum Beispiel die Grafen von Mansfeld. Mit dem Aussterben der Linie im späten 15. Jahrhundert fielen Burg und Herrschaft an des Erzbistum Magdeburg, wo es bis 1623 verblieb. Im Dreißigjährigen Krieg wechselte die als uneinnehmbar geltende Festung nach heftigen Belagerungen und Beschießungen mehrfach den Besitzer. 1635 kam sie in kursächsiche Hand, was aber die Schweden nicht daran hinderte, die Festung noch weitere 15 Jahre als Pfand für ausstehende Strafzahlungen zu behalten. Nach dem Abzug der Schweden wurde Querfurt Teilresidenz der Herzöge von Sachsen-Weißenfels-Querfurt. Danach wurde es zur Domäne umgewandelt, die aber 1936 wieder aufgelöst wurde.
Im Jahre 1931 wurde in der Burg ein Heimatmuseum eingerichtet, das seitdem laufend erweitert wurde. Zu Zeiten der DDR war in den Gemäuern der Burg von 1950 bis 1983 eine Poliklink untergebracht. 1987 dienten Teile der Anlage als Hotel. Durch die politische Wende konnte 1992 die Kirche wieder für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Dem Besucher bieten sich auf einer Fläche, die etwa sieben mal so groß ist, wie die der Wartburg bei Eisenach, heute ausgesprochen sehenswerte Bauten.
Die Ringmauer mit einer Stärke von fast 2 Metern und einer Höhe von 10 Metern weist eine starke Bewehrung mit Schießscharten auf. Eine zusätzliche Sicherung der Burganlage ist durch einen 11 Meter breiten und 5 Meter tiefen Trockengraben – der wasserdurchlässige Muschelkalkfelsen lässt keinen Wassergraben zu – gegeben. Das Mauer- und Grabensystem stammt aus dem 14. Jahrhundert. Die Entwicklung der Artillerie machte die Anlage neuer Befestigungen erforderlich. In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts entstanden daher Bastionen, die nach den verheerenden Zerstörungen des Dreißigjährigen Krieges aufwändig restauriert wurden. Spektakulär ist ebenfalls die so genannte Westtoranlage, mit ihren massiven Fortifikationen.
Der Bergfried, der Dicke Heinrich genannt, wurde bereits im 12. Jahrhundert erbaut. Seine Höhe beträgt 27,5 Meter, der Durchmesser 14,5 Meter. Die Mauern sind über 4 Meter dick. Der Kranz mit den Schießscharten kam im 15. Jahrhundert dazu. Der Wohnturm, der so genannte Marterturm, stammt aus dem ersten Drittel des 13. Jahrhunderts. Er diente nach dem Dreißigjärigen Krieg nur noch als Kornboden. Der Pariser Turm stammt aus dem späten 14. Jahrhundert. Seine Barockhaube erhielt er im 17. Jahrhundert. Der Pariser Turm ist heute begehbar.
Die genannten Bauten fügen sich nahtlos in das Ensemble der Burganlage ein. Das Fürstenhaus hatte ehemals einen repräsentativen Charakter, wenngleich zahlreiche Umbauten verschiedener Epochen ihre Spuren hinterlassen haben. Die Baugesschichte des Kornhauses reicht zurück bis ins 10. Jahrhundert. Seine heutige Gestalt erhielt es aber erst am Ende des 17. Jahrhunderts. Amts- und Pächterhaus haben spätestens mit der Nutzung der Burg als Verwaltungssitz ihre ursprüngliche Gestalt verloren.
Die Kapelle wurde im 12. Jahrhundert zu Ehren des Heiligen Brun errichtet, im 17. und 18. Jahrhundert ausgebaut und von 1846 bis 1850 und 1903 restauriert. Die Kapelle weist einige byzantinische Merkmale auf. Kein Wunder, denn Theophanu, die Gattin des berühmten deutschen Kaisers Otto II. stammte aus Byzanz – und für Otto II. war die Region schließlich der Mittelpunkt seines Weltreiches.