Die im malerischen Harzort Ilfeld gelegene Klosterschule wurde im Jahr 1546 auf Veranlassung von Graf ALBRECHT GEORG ZU STOLBERG durch den Abt des Klosters Ilfeld Thomas Stange gegründet. Der erste Schulleiter Michael Neander setzte den Schwerpunkt des Unterrichts auf die Ideen des Reformators Phillip Melanchthon. Nach dem Aussterben der männlichen Linie der Grafen von Hohnstein im Jahre 1593 kam es zum Rechtsstreit zwischen der Linie der Welfen und den Grafen von Stolberg der im Jahre 1632 vor dem Reichskammergericht zu ungunsten der Welfen entschieden wurde. Allerdings blieb das Ilfelder Stift in Besitz der Welfen und wurde von Hannover aus verwaltet.
Im Dreißigjährigen Krieg wechselten die Besitzverhältnisse zwischen Protestanten und Katholiken, im Jahr 1633 wurde das Gymnasium jedoch endgültig wieder evangelischer Besitz. Nach Gründung der GEORG-AUGUST-UNIVERSITÄT in Göttingen im Jahre 1737 band sich die Klosterschule sehr stark an die Universität, die von den Einkünften des Stiftes profitierte. Eine Liquidierung der Schule wurde in Erwägung gezogen um den Erlös komplett der Universität Göttingen zur Verfügung zu stellen, was aber an rechtlichen Problemen scheiterte. Im 18. Jahrhundert wurde die Klosterschule wurde zu einer Art KADERSCHMIEDE für die Georgia–Augusta und war auch international hoch angesehen. Seit dem Jahr 1823 wurde der gesamte Schulbereich zum Sondervermögen der Klosterkammer in Hannover und im Jahr 1859 wurde, damit begonnen die alten Gebäude nach und nach durch Neubauten zu ersetzen.
Im Jahre 1866 wurde die Schule als Stiftspädagogium geschlossen und ein Jahr später als KÖNIGLICHE KLOSTERSCHULE ILFELD wiedereröffnet, da nach dem Deutsch-Österreichischem Krieg im Jahre 1866 das Königreich Hannover von Preußen annektiert wurde. Nach der Machtergreifung der Nationalsozialisten wurde die Schule zur Nationalpolitischen Erziehungsanstalt – in dem von den Nazis verstümmelten Sprachgebrauch NAPOLA abgekürzt – umgewandelt die den Führungsnachwuchs der neuen braunen Machthaber sichern sollte. Ab dem Jahr 1943 wurde Schule in die NAPOLA Ballenstedt überführt und der Schulbetrieb endete im Jahr 1944, als der Platz für die Verwaltung der Rüstungswerke Mittelbau-Dora im nahen Nordhausen dringend benötigt wurde.
Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges waren für kurze Zeit amerikanische Truppen hier untergebracht und später zogen sowjetische Truppen ein. Sie verließen die Gebäude allerdings schon im Mai 1947 wieder. Danach wurden die Schulgebäude als Krankenhaus genutzt, was sicherlich durch den Einbau einer Warmwasserheizung im Jahre 1909 begünstigt wurde. Auch war das städtische Krankenhaus der nahen Stadt Nordhausen nahezu durch die Kriegseinwirkung zerstört. Nach dem Mauerfall wurde der Komplex zur neu gegründeten NEANDERKLINIK HARZWALD GMBH. In der langen Zeit der Lehrtätigkeit durchliefen viele bekannte Persönlichkeiten, seien es Schüler oder Lehrkräfte die Klosterschule. Bei den Lehrern sind hier besonders der erste Direktor Michael Neander oder der Historiker A.E. Zinserling zu nennen, der sich als Historiker einen Namen machte. Bei den Schülern waren es der Altertumsforscher G.F. Grotefend, der Widerstandskämpfer O. Kiep oder auch der Afrikaforscher Carl Peters (Siehe Fußnote 1).
Der heutige Grundriss der Klinikgebäudes stimmt nicht mehr mit der damaligen Lage der Gebäude überein, die Lage ist allerdings fast unverändert. In der Gründungszeit umgab eine ca. 1,60 Meter hohe Mauer die Klosterschule, in der es natürlich auch die obligatorischen Klostergärten, eine Klosterküche, einen Fischteich sowie Stallungen gab. Die heutige Bundesstraße 4 wurde im Jahre 1866 angelegt und führt mitten durch den Klosterbezirk. Die Schülerzahlen betrugen in der Gründungszeit etwa 30 Schüler, in der Kaiserzeit etwa 125 Schüler und während des Dritten Reiches wurden etwa 200 Schüler unterrichtet.